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天保7年（1836年）、江戸幕府の御家人の家に生まれた。長崎海軍伝習所で航海術を学び、オランダに留学して近代海軍技術を習得した。戊辰戦争（1868年）では幕府海軍副総裁として旧幕府軍の脱走艦隊を率い、蝦夷地（北海道）に渡って五稜郭を拠点とした。1869年に蝦夷共和国（松前藩・旧幕府軍）の総裁に選出されたが、新政府軍に降伏した（箱館戦争）。降伏後は投獄されたが、明治政府に海軍技術者として才能を認められ釈放された。その後は海軍卿・逓信大臣・農商務大臣など要職を歴任し、ロシアとの樺太・千島交換条約（1875年）締結にも貢献した。明治の技術・外交に貢献した転向の象徴として知られる。1908年に没した。享年72歳。

技術者としての実証主義的な思考と、旧幕府への義理・忠義心が複雑に絡み合った人物。蝦夷共和国樹立は単純な反新政府運動ではなく、旧幕府の武士たちの処遇改善と未開の蝦夷地開拓という現実的な目的もあった。降伏後には柔軟に新政権に協力し、明治日本の近代化に貢献した実用主義的な側面もある。自分の技術と知識を最大限に活かす場を求めた生涯であった。

箱館戦争は日本最後の内戦として歴史に刻まれ、五稜郭（北海道函館市）は現在も観光地として人気を誇る。蝦夷共和国は短命に終わったが、民主的な選挙で指導者を選んだ近代的な組織として評価される。降伏後の明治政府での活躍は、技術者・外交官としての卓越した才能を示した。榎本は旧幕臣が明治政府に転身した代表的人物として知られる。