応仁2年（1468年）に生まれた。日向国を本拠とする伊東氏第8代当主。永正7年（1510年）、家督継承をめぐる方針に反対した綾の地頭・長倉祐正と垂水祐元が綾城に籠城する事件（綾の乱）が起こると、尹祐はこれを攻めた。9月に攻城が始まり、10月17日、長倉祐正・垂水祐元は自害して果てた。この事件を制したことで伊東氏内部の統制を強め、伊東氏の勢力拡大の基盤を固めた。大永3年（1523年）に没した。

家督継承をめぐる家中の対立に対し、武力をもって断固たる姿勢で臨んだ当主。内部統制を優先し、一族の結束強化に努めた。

綾の乱を鎮圧したことで伊東氏の内部統制が強化され、後の伊東義祐の代における日向伊東氏最盛期の基盤となった。綾城跡は現在、木造復元天守を持つ史跡公園として整備されている。