天正15年（1587年）、豊臣秀吉の従弟・小出吉政の子として大坂に生まれる。慶長9年（1604年）、父が和泉岸和田城に移ったのに伴い但馬出石6万石を与えられ、有子山城から山麓へ居城を移して出石城を新たに築城した。慶長19年（1614年）の大坂冬の陣では豊臣方からの誘いを断って徳川方に付き、翌年の夏の陣では樫井の戦いの後、大坂城落城の戦いで首級107を挙げる武功を立てた。晩年は出石ゆかりの禅僧・沢庵宗彭に深く帰依し、宗鏡寺の再興を助けたと伝わる。寛文6年（1666年）、80歳で没した。

豊臣家の血縁でありながら大坂の陣では徳川方への忠誠を貫いた現実主義者。晩年は沢庵宗彭に深く帰依するなど、信仰心も篤かった。

有子山城から山麓へ居城を移し出石城を築いたことで、以後260年余り但馬・出石の政治の中心として機能する城下町の基礎を築いた。現在の出石は「但馬の小京都」と呼ばれ、彼が築いた城と城下町の骨格を今に伝えている。