1568年、豊臣秀吉の軍師・黒田官兵衛（如水）の嫡男として生まれた。幼少期に豊臣秀吉の人質となり、父が荒木村重に捕らえられた際も秀吉に仕え続けた。成長するにつれて武将としての才覚を発揮し、朝鮮出兵では加藤清正らと共に奮戦した。1600年の関ヶ原の戦いでは徳川家康の東軍に属し、西軍の小早川秀秋への調略に貢献するなど重要な役割を果たした。戦後の論功行賞で筑前52万石の大名に封じられ、福岡城を築いて福岡藩の礎を築いた。父・如水の優れた謀略の才を受け継ぎながらも、武断派として知られた。徳川政権下でも藩政を安定させ、外様大名ながら幕府からの信頼を得た。1623年に56歳で没した。黒田如水・長政父子の活躍は九州における徳川支配の確立に大きく貢献した。現在の福岡市に残る福岡城跡はその遺産を今に伝えている。

父・如水の謀略的才能を受け継ぎながらも、武断派として知られた。直情的で勇猛な一面を持ちつつ、政治的判断力も備えていた。徳川政権との良好な関係を維持する外交的配慮も持ち合わせていた。

福岡藩52万石の基盤を築き、現在の福岡市の礎となった。黒田節として知られる民謡は黒田家の家臣・母里太兵衛が福島正則から名槍日本号を飲み取った逸話に由来する。