1870年、加賀国石川郡宇ノ気村(現・石川県かほく市)の旧庄屋・西田得登(やすのり)の長男として生まれた。第四高等中学校で鈴木大拙と同級となり生涯の親友となる。東京帝国大学文科大学哲学科選科卒業(1894年)。以後、山口高等学校・第四高等学校などで教鞭を執りながら、参禅(京都妙心寺・円覚寺)を通じて東洋思想を深めた。1910年、京都帝国大学文科大学助教授、翌年教授。1911年、代表作『善の研究』を刊行。西洋哲学(特にウィリアム・ジェームズ、ベルクソン、新カント派)と禅思想を融合した「純粋経験」「場所の論理」「絶対矛盾的自己同一」などの独創的概念を提示、日本最初の体系的哲学書として国際的評価を得た。1928年、京都大学を定年退職、鎌倉に移り住み研究を続けた。田辺元・西谷啓治・高坂正顕・三木清らを育て「京都学派」を形成。戦時中は軍国主義とは距離を置きつつ独自の国家観を示した。1945年6月7日、鎌倉で尿毒症のため75歳で没、終戦の2ヶ月前であった。