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陸奥国白河藩士の子として江戸に生まれ、9歳で試衛館に入門した。天賦の才能により天然理心流の免許皆伝を最年少で取得し、稽古人に指導するほどの腕前であった。新選組では一番隊組長を務め、局中法度の厳格な執行においても恐れられた。池田屋事件では先頭を切って踏み込んだ先陣の一人であったが、白刃戦の最中に喀血したとも伝わる。その後も京都の治安維持に第一線で活躍し続けたが、結核（労咳）が徐々に進行して戦線を離脱せざるを得なくなった。西本願寺・不動堂村屯所で療養しながらも訓練を続けたが、鳥羽・伏見の戦いへの参戦は叶わなかった。江戸の千駄ヶ谷の植木屋・坂本家に移って療養を続けたが、1868年7月（旧暦）、江戸城明け渡しからほどなく、27歳という若さで病没した。その美貌と剣才、早い死が後世の人々の心を捉え続けている。沖田総司の悲劇的な最期と剣の天才ぶりは、幕末ファンの間で今も特別な人気を誇り、数多くの小説・マンガ・ゲームで不滅の英雄として描かれている。

子供好きで明るく無邪気な性格ながら、剣を持てば別人のように冷酷になったと伝わる。その明暗のコントラストが、薄命の天才剣士としての悲劇性を際立たせている。

新選組最強の剣士として、若くして散った悲劇的な生涯が多くの創作作品に描かれている。実像は不明な点が多いが、それゆえに想像力を刺激し続ける幕末屈指の人気人物である。