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1465年、武蔵国の生まれ。若くして僧となり医学を志し、1487年から12年間明に渡って中国医学を学んだ。特に金元医学——李東垣（李杲）の脾胃論と朱丹渓の滋陰論——を深く修め、1498年に帰国。従来の『医心方』系の古医方に代わり、新しい理論に基づく実証的な医術を日本に導入した。これが後に「後世派」と呼ばれる流派の始まりである。関東で診療と教育にあたり、曲直瀬道三を弟子に迎えた。道三が京都で医術を広めたことで、後世派は戦国末期から江戸初期にかけて日本医学の主流派となった。

探究心旺盛で、当時の日本人としては異例の12年という長期留学を成し遂げた情熱の人。新しい医学理論を鵜呑みにせず、実際の臨床で検証しながら日本に根付かせた実証主義者。弟子の育成にも熱心で、道三という逸材を育て上げた教育者でもあった。

三喜が導入した金元医学は、弟子・曲直瀬道三を通じて全国に広まり、「後世派」として江戸初期まで日本医学の主流となった。後に古医方派（吉益東洞ら）の台頭により主流の座を譲るが、それでも後世派は現代の漢方医学の一潮流として生き続けている。中国医学の単なる輸入ではなく、12年の留学と帰国後の実践により日本化した点で、三喜は日本漢方の真の祖の一人と言える。