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1619年、京都の針医者の家に生まれた。幼くして比叡山・妙心寺に入り禅を学ぶも、土佐で朱子学者・谷時中に師事し儒学に転じた。1655年、京都に戻り私塾を開設。厳格な朱子学者として知られ、門弟は6000人に及んだとされる。代表的な弟子に浅見絅斎（けいさい）、佐藤直方、三宅尚斎がおり、彼らは「崎門三傑」と称され「崎門学派（闇斎学派）」を形成。純粋な朱子学教条主義を貫いた。晩年の1665年、吉川惟足より神道の奥義を授けられ、朱子学と神道を融合した「垂加神道」を創始。天照大神を儒教の「理」と同一視する独自の神学体系を展開し、尊皇思想の源流の一つとなった。『文会筆録』『垂加翁神説』などを著す。1682年、64歳で没。

厳格にして激情家、教条主義的な朱子学者。弟子に対しても一切妥協せず、「朱子学から一歩も外れてはならぬ」を徹底した。反面、熱心な求道者で禅→儒→神道と求め続けた知的好奇心も示す。弟子たちも「闇斎先生の怒りは雷のよう」と恐れながら尊敬した。自説への絶対的自信と、他説への容赦ない批判が特徴。

崎門学派は江戸時代を通じて朱子学正統派として影響力を保ち、尊皇思想の源流となった。垂加神道は後に吉田神道・伯家神道と並ぶ神道三大流派の一つとされ、幕末の水戸学・国学・尊皇攘夷運動にも思想的影響を与えた。明治維新後は、垂加神道の天皇神聖観が国家神道の一部に組み込まれた。現代の思想史研究では、神道と儒教を統合する独自性が評価される一方、その教条性と国家主義への影響は批判的にも検討されている。