港区三田に位置する日蓮宗の寺院。江戸城に近い武家屋敷街の一角に静かに佇み、題目「南無妙法蓮華経」を唱える法華信仰の場として地域の信仰を集める。

創建年代は詳らかではないが、港区三田の武家屋敷街の一角に日蓮宗の道場として起こったと伝わる。日蓮宗は日蓮聖人が鎌倉時代に開いた宗派で、法華経を根本経典とし「南無妙法蓮華経」の題目を唱えることを重んじる。三田周辺は江戸時代を通じて武家・大名の屋敷が集積した地域であり、長運寺もその環境のなかで檀家を形成してきたとされる。明治以降の近代化と市街地の変容を経ながらも、地域の人々の葬祭・法要の場として現在に至る。