願正という寺号は「阿弥陀仏の本願が正しく伝わる寺」という意味を込めたものと解される。真宗大谷派（東本願寺系）の末寺として松原市上田の地に建立された。河内地域への浄土真宗の普及には、蓮如上人（1415〜1499年）の布教活動が大きく寄与した。蓮如は御文（おふみ）と呼ばれる平易な書状を用いて民衆に教えを説き、畿内農村部に多数の門徒を獲得した。戦国期には一向一揆の動きが各地で起き、浄土真宗門徒の結束が一層強まった。江戸時代に寺請制度が整備されると、願正寺は地域住民の菩提寺として位置づけられ、冠婚葬祭や年忌法要を担い、地域の信仰生活を支え続けてきた。