祇園（祇樹給孤独園）にちなむ仏教的な由緒深い寺号をもつ寺院。釈迦牟尼仏がしばしば説法を行った祇園精舎の故事を受け継ぎ、横手の地に仏の教えの根本道場を築いてきた。

祇園精舎（ぎおんしょうじゃ）はインドのコーサラ国にあった仏陀の修行道場。その名を受け継ぐ横手の祇園寺は、仏教の原点への敬意を体現し、地域の人々に本来の仏教精神を伝えてきた寺院である。