社伝によれば和銅2年(709年)、豊前国の宇佐八幡宮より分霊を勧請して祀ったのを創始とし、勧請の際に一夜のうちに周囲の山が花で覆われたという伝説から花岡八幡宮と号したという。旧山陽道の宿場町・花岡の鎮守として栄え、戦国期には多くの社領をもつ周防国の大社の一つで、慶長4年(1599年)には筆頭の地蔵院をはじめ閼伽井坊・楊林坊など九つの社坊が境内に並んでいたと伝わる。境内の閼伽井坊多宝塔は藤原鎌足の創建と伝わる二重塔で、高さ約13.5メートル、優美な姿から日本十六塔の一つに数えられ、国の重要文化財に指定されている。桜の名所としても親しまれている。