伝承では坂上田村麻呂が蝦夷平定の際に霊泉の地に石を積んで霊を鎮め、石戸権現を祀ったのが起源とされる。古くは大重院・医王山薬師堂と称し、慶長8年（1603年）に再建。明治初年に石戸神社と改称した。