北区神谷に位置する真言宗智山派の寺院。「自性」の名が示すように仏性・自己の本性を悟ることを理念とし、密教の法流を守りながら神谷地域の住民の菩提を弔ってきた。

創建年代は詳らかではないが、自性院は北区神谷に位置する真言宗智山派の寺院とされる。「自性」は仏教において「自己の本来の性質・仏性」を意味する重要な概念であり、密教では本来備わる仏性を顕現させることが修行の目的とされる。真言宗智山派は弘法大師空海の真言密教の法流を継ぐ宗派で、両部曼荼羅・護摩・加持祈祷を重視する。神谷は荒川沿いの低地に位置し、江戸時代には農村地帯として発展した地域である。当院は地域の菩提寺として先祖供養・法要などを担い、密教の実践を守りながら現在に至っているとされる。