群馬県利根郡昭和村大字糸井に位置する曹洞宗の寺院。長慶寺と同じ糸井地区に建ち、曹洞禅の法脈を継ぎながら地域住民の葬送供養を担ってきた。

昭和村糸井の清雲寺は曹洞宗の寺院で、長慶寺とともに糸井地区の宗教的基盤を担う寺院である。「清雲」は清らかな雲を意味し、禅の境地・悟りの清澄さを象徴する寺号と解される。創建年代は不明だが、江戸時代には地域住民の菩提寺として確立されていたとされる。糸井地区は昭和村の中核部にあたり、清雲寺はこの地域の農民の葬儀・法要・年中行事を通じて村落コミュニティを精神的に支えてきた。現在も曹洞宗の在地寺院として法脈を守っている。