薬師神社は神仏習合の時代に薬師如来（医王仏）の霊験を神社形式で祀ったことを起源とする社で、由利本荘市に鎮座する。病気平癒・健康長寿を願う人々の信仰を集め、明治の神仏分離以後も「薬師」の社名を保持したまま地域の守護神として存続している。身近な医療が乏しかった時代の民間信仰の形を今に伝える貴重な存在である。

薬師如来は東方浄瑠璃世界の仏として病を癒す功徳で知られ、奈良・平安時代から全国の寺院で篤く信仰された。神仏習合の進展とともに薬師を祀る堂が神社形式と融合し、「薬師神社」という独特の形態が各地に生まれた。明治元年（1868）の神仏判然令により多くの薬師堂が廃絶または寺院に戻されたが、一部は神社として存続し、地域の病平癒信仰の拠点となって今日に至る。