壱岐島・芦辺町に鎮座する月の神・月讀尊を祀る古社。延宝4年（1676年）に平戸藩の命を受けた橘三喜の調査により、延喜式神名帳（927年）所載の名神大社「月読神社」に比定された。社伝によれば、壱岐の地から月読神の信仰が大和へ伝わったとされる。もとは「山の神」を祀る素朴な社であったが、同年に藩主・松浦鎮信から石祠と木鏡が奉納されて現在の祭神・社体が整えられた。境内には安産・子育てに霊験があるとされる月延石も伝わる。

延宝以前の創建・由緒は不詳。社伝では壱岐島が月読神発祥の地とされ、『日本書紀』神代の記述（壱岐の県主の先祖・押見宿禰が月読神の神託を受けた）との関連が語られる。延宝4年（1676年）、平戸藩の命で壱岐島の式内社を調査した橘三喜（たちばなみつき）が、「清月（きよつき）」という地名に着目し、この社を延喜式名神大社「月読神社」に比定した。同年6月1日、藩主・松浦鎮信が石祠と木鏡1面を奉納し、月夜見命・月弓命・月讀命の三柱を祀る現在の形が成立した。比定には異論もあり、現在の学説では実際の式内社「月読神社」は箱崎八幡神社の可能性が高いとされる。明治以降は旧無格社に格付けされた。