大元神社は島根県隠岐郡隠岐の島町に鎮座し、隠岐の総社として長く崇敬されてきた古社。主祭神は大元尊神（おおもとのみこと）で、隠岐の地主神として隠岐諸島全体の守護神と信仰される。承久の乱（1221年）で隠岐に流された後鳥羽上皇が深く信仰した神社としても知られ、後鳥羽上皇の在島中に行宮（あんぐう）がおかれた地の近くに位置するともされる。境内は隠岐の島の豊かな自然に囲まれた静謐な環境にあり、古代の信仰の場としての雰囲気を今も色濃く残している。隠岐を訪れる際の重要な参拝スポットとして多くの観光客・参拝者が訪れる。

隠岐の総社として創建年代は不詳。承久の乱で流刑となった後鳥羽上皇が信仰した神社として知られる。隠岐の地主神として諸島全体の守護神と崇められる。