元応元年(1319年)、日祐上人が中村檀林として開創した。
中村檀林は日蓮宗の学問所で、多くの学僧を養成した。
飯高檀林と共に関東における日蓮宗教育の双璧をなした。
最盛期には数百人の学僧が在籍したとされる。
江戸時代には幕府からも認められた公的な教育機関として機能した。
檀林の建築群は学問所としての機能を反映した配置を持つ。
明治5年(1872年)の学制発布により檀林としての機能を終了した。
その後は日本寺として存続し、檀林時代の建造物が保存されている。
境内の杉林は数百年の歴史を持ち、学問の場の厳粛さを伝える。
現在は日蓮宗の教育の歴史を伝える文化遺産として守られている。