創建年代は詳らかではないが、新宿区早稲田鶴巻町の鎮守として地域住民の信仰を集めてきたとされる天祖神社である。鶴巻町は早稲田大学の近隣に位置し、早稲田エリア全体が学問・文化の街として知られている。天祖神社は天照大御神を主祭神とし、その信仰は伊勢神宮の皇大神宮を総本社とする神明信仰に連なる。江戸時代には穴八幡宮（新宿区西早稲田2丁目）の門前を中心に早稲田周辺の寺社が栄え、早稲田大学の前身となる東京専門学校が1882年（明治15年）に設立されて以降、学術文化都市として発展した。当社はこうした地域の変遷を見守りながら産土神として崇敬されてきた。