瑜伽寺（ゆかじ）は、山梨県笛吹市八代町永井にある寺院。現在は臨済宗向嶽寺派の寺院である。本尊は薬師如来で、大善寺（甲州市勝沼町勝沼）や長谷寺のものとともに三薬師と呼ばれた。山号は無碍山（むげさん）。