日野市万願寺に鎮座する神社で、武蔵国の古社の流れを汲む。素戔嗚尊を主祭神とし、厄除け・疫病退散のご利益があるとされ、地域の守護神として篤く崇められる。

万願寺は多摩川西岸に位置する日野市内の旧村で、別府神社はその鎮守として古くから村民の信仰を集めてきた。「別府」の地名は中世の開拓に由来し、武蔵国の神社勢力圏の中で素戔嗚尊を祀る牛頭天王信仰と結びついて発展した。江戸時代には幕府の代官支配下に置かれた多摩地域の農村として年貢を納めつつ、産土神としての別府神社を中心に村の祭礼が執り行われた。近世以降も氏子たちによって社殿が修復・維持され、現在は地区の防災・産土の神として親しまれている。