石垣市に根付く臨済宗妙心寺派の寺院。禅宗の清廉な家風を伝え、八重山の島民の精神的な拠り所として地域に根ざしてきた。

八重山諸島への仏教伝播は薩摩藩の琉球支配（1609年以降）と密接に結びついており、臨済宗の禅僧が島々へ渡海して教化活動を展開した時期に達磨寺の礎が据えられたと伝わる。近世を通じて島民の法事・葬祭を担い、禅の修行場としての機能も果たしてきた。沖縄戦（1945年）の戦禍は本島から遠い石垣島にも及び、地域の寺院施設は大きな損傷を受けた。戦後の復興期に再建され、現在も妙心寺派の末寺として地域仏教を守り続けている。