出羽三山のひとつ・羽黒山（山形県）の神を勧請した社で、修験道の霊山信仰に基づく。農耕・養蚕・医薬の神として北上川流域の農漁村に伝わり、五穀豊穣と家内安全を祈る人々が参拝してきた石巻の鎮守のひとつ。

出羽三山信仰は平安時代から修験者（山伏）によって東北各地に広まった。羽黒山を総本山とする修験道の神が各地に勧請され、石巻にも羽黒神社が祀られるようになった。農業・漁業が盛んな石巻において五穀豊穣と海上安全を守る神として信仰されてきた。