貞治3年（1364年）に大和国の田村作ノ丞が建立し、永正年間に大浦光信が再建したと伝わる。元は山王堂として信仰を集め、明治3年に日吉神社と改称して現在地に移転した。滋賀の日吉大社に由来する山王信仰の系譜を引く。