文禄2年（1593年）、津軽為信が豊臣秀吉の朝鮮出兵に際して海上安全・国土繁栄を祈願して建立したのが起源。正保元年（1644年）に現在地へ遷宮し、明治6年に海童神社と改称。上津綿津見命ほか海神三座を祭神とする。