堺市に位置する臨済宗大徳寺派の寺院。京都・大徳寺を大本山とする臨済宗の禅寺。茶道との深いゆかりで知られる大徳寺の系統。

本源院は南宗寺の境内に位置する臨済宗大徳寺派の塔頭。南宗寺は三好長慶によって天文年間に創建された大寺院であり、江戸期にかけて複数の塔頭が境内に形成された。本源院はその一坊として成立し、特定の旦那衆や武家の菩提を弔う場として機能したとされる。「本源」という院号は、万物の本源たる仏性に帰するという禅の思想を表すとも解される。茶湯文化と禅が密接に結びついた堺の宗教風土のなかで、禅の修行と地域信仰の両立を図りながら現在に至っている。