大同2年(807年)、空海(弘法大師)が真言宗の長寿院として創建したと伝わる。暦応2年(1339年)、宝乗院日続が日蓮宗へ改宗し「長寿山本行寺」と改号。天文19年(1550年)池上本門寺11世日現の200余日の転錫、天正10年(1582年)同12世日惺の50日の弘教が行われ、「上総五十座説教の発祥地」となった。大坂の百部・金沢の千部とともに日蓮宗高座説教の「三大檜舞台」と称される。享保8年(1723年)、大田区池上本門寺より日蓮聖人の歯骨を分与され奉安。釈迦堂(重層方形造・三間堂)は勝浦市有形文化財に指定されており、境内には松尾芭蕉の句碑が残る。