本荘城址近くに鎮座する本荘神社は、本荘地区の総鎮守として篤く崇敬されてきた。藩政期には本荘藩（六郷氏・本多氏）の守護神として藩主の尊崇を受け、明治維新後には本庄実勝ら藩ゆかりの人物を合祀した。城下町の歴史と深く結びついた由利本荘随一の格式ある神社である。

本荘神社の創建は江戸時代初期にさかのぼるとされ、本荘藩初代藩主・六郷政乗の時代に城下の鎮守として整備された。六郷氏から本多氏へ藩主が交代した後も神社は維持され、藩士・町人の信仰の中心であった。明治以降は近代社格制度のもとで郷社に列せられ、本荘地区の歴史的中心として今日に至る。