宝蔵寺は菅生集落に建つ曹洞宗の寺院で、あきる野市の寺院に多い臨済宗と異なる系統の禅を伝える存在として地域の宗教的多様性を示している。曹洞宗は道元禅師が中国から伝えた禅で、座禅そのものが悟りであるという「只管打坐」の教えで知られる。「宝蔵」は仏法の宝を蔵に収めるように大切に守るという意味で、正法を守護する寺院の使命を寺号に託している。菅生は多摩川支流域の農村で、宝蔵寺は農家の人々に曹洞宗の作法による先祖供養と生活の指針を提供してきた。隣地には同じ曹洞宗の蔵守院があり、菅生地区における曹洞宗の集中が見て取れる。