医薬神社は大己貴命（大国主命）と少彦名命を主祭神として祀る、由利本荘市内でも珍しい社名を持つ神社。両神は日本神話において国土経営とともに医薬・温泉の法を定めたとされ、病気平癒・健康長寿の御神徳で知られる。地域住民が薬草や民間医療の知恵を神に感謝し、心身の健康を祈願してきた歴史を持つ社である。

大己貴命と少彦名命は古事記・日本書紀において国土を共同経営し、人間と家畜の病を癒す医薬の道を定めた神とされる。全国の薬神社・医薬神社は両神への信仰を核に成立し、江戸時代には漢方医学の普及とともに地域の守護神として尊ばれた。由利本荘市のこの社も農山村の集落に根ざした民間医療信仰の拠点として、病平癒と五穀豊穣を祈る氏子の参拝を長年にわたって受け入れてきた。