十二所神社は「十二所（じゅうにしょ）」すなわち十二柱の神を祀る複合神社で、複数の神社を合祀した形態として多摩・武蔵野地区に多く見られる神社形態である。十二の神を祀ることで一年十二ヶ月・十二方位・十二支などの完全な守護を象徴するとも解釈される。武蔵村山市三ツ木は「三ツ木（みつき）」すなわち三本の木が立つ場所を意味する地名で、狭山丘陵の麓の農村集落に位置する。農業・林業が盛んな狭山丘陵の麓において、十二所神社は農民の農業守護・縁起の守護神として機能してきた。現代においても地区の産土神として信仰を集めている。