天正13年（1585年）、阿波入国後の蜂須賀家政は支城網「阿波九城」を整備し、川島城には家臣・林能勝を城代として配置した。1638年の一国一城令による廃城後は徳島藩の郡奉行所が置かれ、家政による阿波統治の重要拠点であった痕跡を今に伝える。