あきる野市草花に位置する真言宗豊山派の寺院。草花集落の菩提寺として密教の法灯を伝え、秋川と多摩川が近い田園地帯に静かな祈りの場を提供してきた古刹。

草花地区は秋川が多摩川に合流する手前の低地に広がる農村で、古くから水稲耕作が盛んであった。花蔵院は大和長谷寺の観音信仰と密教修法を受け継ぎ、農村の農業サイクルに合わせた祈祷を行ってきた。江戸期には旦那寺として庶民の葬祭を取り仕切り、境内墓地に歴代の石塔が並んでいる。秋川の自然と調和した境内は現在も静かな参拝の場として親しまれている。