相模原市緑区三井に所在する臨済宗建長寺派の寺院。江戸時代に「武相四大薬師」のひとつに数えられた峰の薬師（大覚山東慶寺）の別当寺として知られ、『新編相模国風土記稿』には「薬師堂 別当三井寺 基立ハ明応年間ナリト云」と記される。津久井湖を見下ろす山腹に鎮座し、地域の信仰の拠点であった。

江戸時代に編纂された『新編相模国風土記稿』に「薬師堂 別当三井寺 基立ハ明応年間ナリト云」と記され、明応年間（1492〜1501）に創建されたと伝わる峰の薬師堂（現・大覚山東慶寺、単立）の別当寺を務めていた。峰の薬師は「武相四大薬師」のひとつに数えられ、江戸時代を通じて多くの参詣者を集めた。明治の神仏分離・廃仏毀釈の影響を受けたが、三井寺は臨済宗建長寺派の末寺として法灯を継ぐ。