建治2年(1276年)、日蓮聖人の弟子によって開創されたと伝わる。
日蓮聖人は安房出身であり、上総地方にも多くの教えを広めた。
藻原寺には日蓮聖人自筆の曼荼羅が伝来し、重要な宗宝とされる。
中世には上総の有力者からの帰依を受け、寺勢を拡大した。
室町時代から江戸時代にかけて、外房における日蓮宗の拠点として栄えた。
江戸時代には寺領を安堵され、安定した運営が続いた。
茂原の街の発展とともに、地域の信仰の中心として機能した。
明治以降も日蓮宗の重要寺院として存続している。
戦後の茂原市の発展と共に参拝者も増加した。
現在も茂原市の代表的な寺院として、信仰と文化の拠点であり続ける。