創建年代は詳らかではないが、神津島の守護神「物忌奈命（ものいみなのみこと）」を祀る神津島の総鎮守である。物忌奈命は『延喜式』神名帳にも記載された格式ある神であり、伊豆諸島の島々を統べる神として古来より崇拝されてきた。神津島という島名自体が「神の集う島」を意味するとされ、伊豆諸島の神々が水の分配について相談するために神津島に集まるという伝承が『続日本後紀』に記されている。この伝承から、神津島と物忌奈命神社は伊豆諸島全体の霊的中心として特別な地位を占めてきた。現在も神津島の総氏神として、島民の信仰生活と年中行事の中心となっている。