創建年代は詳らかではないが、浄土真宗本願寺派の寺院として港区高輪に建立されたと伝わる。「正源」とは、仏法の正しき源泉・根本という意味であり、親鸞聖人が説いた阿弥陀仏の本願という「正しき源泉」に帰依することを体現した寺号とされる。高輪周辺は江戸時代に東海道沿いの要地であり、武家屋敷や旅館・寺院が集まっていた地区である。当寺はその地域の人々の信仰と菩提供養を担う浄土真宗の寺院として機能してきた。明治以降も高輪の地域社会とともに法脈を守り、現代においても親鸞聖人の他力本願の教えを門信徒に伝え続けている。