創建年代は詳らかではないが、浄土真宗本願寺派の寺院として目黒区駒場の地に創建されたとされる。「聖徳寺」の名は聖人の徳を讃える意味を持ち、浄土真宗の開祖である親鸞聖人への帰依を示した寺号と解される。浄土真宗本願寺派は京都の西本願寺を本山とし、親鸞聖人の「他力本願」の教え——自己の力に頼らず阿弥陀仏の本願力に任せる——を根幹とする宗派である。駒場周辺は江戸時代には農村地帯であり、明治以降に東京大学農学部（現・東京大学駒場캠퍼스）の設置で知られる文教地区となった。当寺は地域住民の菩提寺として浄土真宗の念仏信仰を守り続けている。