元八王子町は戦国時代に北条氏照が築いた八王子城の城下集落であり、天正18年（1590）の豊臣軍による落城後も麓の集落として継続した。高尾院はその地に創建され、高尾山薬王院との信仰的つながりが伝わる。江戸時代には高尾山詣の参道沿いに宿坊や寺院が点在し、当院もその信仰圏の中に位置していたとされる。落城の際に犠牲となった多くの将兵・女性たちを弔う供養の伝承も残り、戦国の記憶を現代に伝える歴史的な祈りの場として重要な役割を担い続けてきた。近年は城跡（史跡）を訪れる観光客も多く、高尾院は歴史探訪の拠点としても注目されている。