1205年（元久2年）、北条義時が二代執権に就任した。初代執権・父の北条時政が政子・義時らに追放された牧氏事件（1205年）の直後、義時が執権の地位を継いだ。義時は実朝将軍を擁しながら幕府の実権を掌握し、有力御家人の排除（比企能員の変・畠山重忠の乱など）を経て、北条氏による執権政治の基盤を固めた。1221年の承久の乱では後鳥羽上皇を打倒して朝廷への支配を確立し、武家政権の事実上の最高権力者となった。義時の執権政治は鎌倉幕府の黄金期を作り上げた。

1221年5月、後鳥羽上皇が北条義時追討の院宣を発して起こした討幕の乱。朝廷方は畿内・西国の武士を集めたが、鎌倉の北条政子が御家人たちに頼朝の恩を説いて結束を呼びかけ、幕府軍は総勢十九万ともいわれる大軍で京都へ進撃した。朝廷軍は美濃の宇治川・木曽川などの防衛線を突破され、わずか一ヶ月で京都が陥落。後鳥羽上皇は隠岐へ、順徳上皇は佐渡へ配流され、仲恭天皇は廃位された。この乱の後、幕府は京都に六波羅探題を設置し朝廷を監視下に置いた。武家政権が朝廷を完全に支配下に置いた日本史の一大転換点。

1221年の承久の乱での幕府勝利後、北条政子・義時が行った朝廷支配の制度化。後鳥羽上皇は隠岐へ配流され、順徳・土御門両上皇も流罪となった。仲恭天皇は廃位され、後堀河天皇が即位した。幕府は京都に六波羅探題を設置して朝廷を監視下に置き、西国の御家人を直接支配するようになった。さらに幕府は天皇の任免に事実上の影響力を持つようになり、武家政権が公家政権を完全に従属させる体制が確立した。この転換は日本の権力構造を根本的に変えた歴史的事件であり、武家政権700年の基礎を固めた。