応永22年（1415年）2月25日、京都東山の大谷本願寺で本願寺第七世存如の長子として生まれた。当時の本願寺は親鸞の血脈を継ぎながらも衰微の極にあり、堂舎は荒廃し門徒も少なく、比叡山延暦寺の末寺扱いを受けていた。少年期の蓮如は貧困の中で学び、一説には寺を維持するため自ら書写に励み内職で糊口をしのいだとも伝わる。1457年（長禄元年）、父・存如の死を受けて43歳で第八世を継承。平易な和文で教えを説く「御文（御文章）」を門徒に送り布教を進めた。教勢が急拡大すると比叡山の危機感を招き、1465年（寛正6年）1月、延暦寺衆徒が大谷本願寺を襲撃して破却（寛正の法難）。蓮如は親鸞の御影を抱えて近江・大津の堅田などを転々とし、1471年（文明3年）に越前吉崎に道場を開いた。北陸で爆発的な教勢拡大を実現し、わずか4年で10万を超える門徒を擁するに至ったという。加賀一向一揆の源流もこの時期に形成された。1475年、門徒の武装化と富樫政親との衝突を憂えて吉崎を退去し、摂津・河内を経て1478年（文明10年）に山科本願寺の造営を開始、1483年に本堂が完成した。1496年（明応5年）には大坂の石山に「大坂御坊」（後の石山本願寺）を建立。1499年（明応8年）3月25日、山科本願寺で85歳で示寂。五度の婚姻で27人の子をもうけ、彼らを各地の有力寺院に配して本願寺教団の全国ネットワークを完成させた。

卓越した組織力と民衆への共感を持つカリスマ的宗教指導者。難解な教義を平易な言葉に翻訳する天才であり、五度の婚姻で27人の子をもうけた旺盛な生命力の持ち主でもあった。逆境をばねにする不屈の精神を持つ。

壊滅寸前だった浄土真宗本願寺派を日本最大の仏教教団に再建した中興の祖。「御文」は現在も真宗の法要で読まれ続けている。石山本願寺は後に織田信長との11年間の石山合戦の舞台となり、その跡地に大坂城が築かれた。