創建年代は詳らかではないが、新島の中心集落・本村に建立された日蓮宗の寺院である。「長栄寺」という寺名の「長栄」は長く栄えることを意味し、地域の繁栄と仏法の興隆を願う意味が込められている。伊豆大島への流刑（1261年）と佐渡流刑（1271年）の両方の経路が伊豆諸島近海を通っていた日蓮聖人の足跡は、伊豆諸島全体に法華経信仰を広める土台となった。新島の本村においても日蓮宗の信仰は早くから根付き、長栄寺は島の精神文化の担い手として機能してきた。現在も本村地区の菩提寺として、葬儀・年忌法要・寺院行事を通じて島民の信仰生活を支えている。