創建年代は詳らかではないが、新島の大三山(おおみやま)に鎮座する古社である。「大三王子」という社名は、山岳を御神体とした山の神への信仰と王子社(若宮)の信仰が結びついたものと推察される。新島における山岳信仰は、島を守護する神が山頂に宿るという古来の自然崇拝に基づいており、大三山は島の霊峰として古くから崇拝されてきたと伝わる。島の各集落の守護神としての機能に加え、航海の目印となる山頂への信仰も海民のあいだで根強く続いてきた。現在も本村の産土神として、また島の自然と調和した信仰の場として機能している。