創建年代は詳らかではないが、新島の中心集落・本村に鎮座する格式ある古社である。「十三社」という社名は十三柱の神々を祀ることを示し、島の守護に関わる多様な神格を合祀したことを伝える。新島は古くから伊豆諸島の主要な島として知られ、流人の島としても歴史に名を刻んできた。江戸時代には多くの政治犯・文化人が新島に配流され、その中には学者や武士も含まれていた。島の文化と信仰は流配者たちとの交流によっても豊かにされたとされ、十三社神社はそうした歴史の中で島民精神の核として機能してきた。現在も本村地区の氏神として島民の年中行事を司っている。