菅原道真が昌泰4年（901年）に大宰府へ左遷される途中、この地で順風を待ったと伝わる。道真は村人・徳四郎の厚情に感謝し、地名を「餓鬼島」から「福島」に改めたという。延喜3年（903年）に道真が大宰府で薨去したとの報を受けた地元の人々が、延喜7年（907年）に梅と松の枝が根づいた場所に小祠を建て、道真の霊を祀ったのが当社の創始とされる。翌延喜8年（908年）に大国主命・事代主命を合わせ祀り、同年9月21日の神事が以後毎年の秋祭りの起源となった。かつては「上の天神さん」と呼ばれ、戦災で焼失した「中の天神さん」を合祀した後、現在の福島天満宮と称している。