創建年代は詳らかではないが、新島村の一部である式根島に鎮座する神社である。「泊（はく）」という社名は船の停泊地に由来するとされ、海上交通の要所である島の港を守護する神として信仰されてきたと伝わる。式根島は新島の南西に位置する小島で、古くから伊豆諸島を往来する船の寄港地として機能してきた。天然の入り江を持つ式根島の地形は船乗りたちに好まれ、泊神社はその港の守護神として漁師や船乗りの厚い信仰を集めてきた。明治の神仏分離以降も神社本庁のもとで式根島の氏神として機能し、現在も島民の年中行事と祭礼を司っている。