安房郡鋸南町吉浜に建つ富士門流の寺院（山号：中谷山、現在は単立）。日蓮の高弟・日興の弟子である日郷が、日蓮生誕の地・房総を慕って下向し、保田の地頭の寄進を受けて建武年間（1335年頃）に開いたと伝わる。日蓮門下の富士派（興門）を代表する有力本山の一つで、「保田妙本寺」の通称で知られる。日蓮真筆と伝わる十界曼荼羅「万年救護本尊」を蔵する。

富士門流（日興門流）を代表する寺院の一つで、駿河の富士五山などと並ぶ興門八本山に数えられる。第4世から第49世にかけては下総の小泉久遠寺と住職を一人が兼ねる両山一首制（「久妙両山」）が敷かれた。昭和32年（1957年）に日蓮正宗の包括下に入ったが、平成7年（1995年）に離脱して単立寺院となった。鎌倉時代から江戸時代にかけて歴代の貫首や檀越が護持してきた聖教類・古文書が「妙本寺聖教類及び関係資料」として伝来し、日蓮真筆と伝わる「万年救護本尊」を蔵することで知られる。