創建年代は詳らかではないが、杉並区堀ノ内の地に日蓮宗の寺院として建立されたと伝わる。日蓮宗は日蓮聖人（1222〜1282）が法華経（妙法蓮華経）を最高の経典として開いた宗派であり、「南無妙法蓮華経」の唱題を根本修行とする。「妙法」の寺号は法華経そのものの名称（妙法蓮華経）に由来する格調高い名称で、法華経の信仰を体現する寺院名といえる。堀ノ内には宗延寺・修行寺・福相寺など複数の日蓮宗寺院が密集しており、妙法寺はその一核として地域の日蓮宗信徒の信仰を集めてきた。現在も葬送・法要・祈願等の宗教的サービスを地域に提供している。