創建年代は詳らかではないが、杉並区本天沼の地に真言宗室生寺派の寺院として建立されたと伝わる。真言宗は平安時代初期に弘法大師空海（774〜835）が唐から持ち帰った密教を根幹とし、陀羅尼・真言・曼荼羅・護摩などの密教的修法を伝える宗派である。室生寺派は奈良県宇陀市の室生寺を大本山とする真言宗の一派で、「女人高野」として親しまれた室生寺の伝統を継承する。「蓮華」の寺号は仏教の象徴的な花である蓮（泥中に生えながら清浄な花を咲かせる）に由来し、仏の清浄な悟りへの道を示す。現在も地域の密教の道場として信仰を集めている。